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La primera referencia documental se remonta al año de su fundación, el 884, el mismo en el que se fundó Burgos (Populavit Didacus comes Burgos et Ovirna). La etimología del nombre sigue siendo desconocida. Se tiene constancia de la existencia de diversos asentamientos humanos, hoy despoblados: La Campana (a menos de medio kilómetro al sur de la ermita de Nuestra Señora de Montes Claros, que podría haber sido su iglesia; diversas fuentes apuntan hacia la coincidencia de este poblamiento con Villa Obtumán, citada en el año 937), Fuentemeján (un kilómetro al norte de la localidad, en lo alto del pago todavía llamado Fuentemeján), Harruquera (entre Ubierna y San Martín, en el término hoy llamado La Ruquera), Polera (dos kilómetros y medio al este de Ubierna, en el límite con Gredilla la Polera), Quintana (al oeste, junto al límite con Santibáñez-Zarzaguda), Rueda (un kilómetro al oeste del pueblo, sobre un cerro llamado El Utero). -Información de interés: en Ubierna tiene su sede la Hermandad de Caballeros Hijisdalgo de la Jurisdicción de Ubierna, una institución cuyo origen se remonta a la Reconquista. El Capítulo de la Hermandad se celebraba inicialmente en la ermita de Santiago y, desde su destrucción, en la de Montes Claros. Hasta 1835 se reunió la Hermandad casi sin interrupción y después de esa fecha tuvieron lugar diversos encuentros casi clandestinos, en los que se iba traspasando el arcón con la documentación de la institución. El archivo ha llegado casi intacto hasta la actualidad y contiene documentos desde el siglo XVI. Actualmente la Hermandad sigue reuniéndose, aunque su sentido inicial ha dejado paso a una orientación dirigida a mantener vivos los valores encarnados por la personalidad de Rodrigo Díaz de Vivar. -Personajes ilustres: Rodrigo Díaz de Vivar, el Cid Campeador, nació hacia 1048. Es clara la vinculación del Cid con estas tierras, en las que su padre, Diego Laínez, y luego él mismo, fue propietario del castillo y de diversas heredades que habría dado en arras a su esposa, Doña Jimena.
-Ruta ornitológica de Ubierna entre la dehesa y el cañón: Distancia: 12,6 kms. Tiempo: 3h. Con salida y llegada en San Martín de Ubierna, este recorrido permite observar aves como el águila real, el aguilucho pálido y el cenizo, el alimoche, el búho real, el buitre leonado, el avión roquero. La ruta asciende por el Desfiladero de Rucios y baja de nuevo, para dirigirse a continuación a Ubierna y recorrer Monteacedo y la necrópolis de Los Pilones.
-Pozo del Diablo: se encuentra al noroeste de Ubierna y al sur de Monteacedo. Se trata de un espacio interesante desde un punto de vista geológico, por la formación de un profundo pozo en el curso del Ubierna. Además, junto a éste se encuentra un mirador que permite contemplar el valle del río Ubierna.
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-Castillo: testigo del pasado esplendoroso de la localidad, el castillo preside el entramado urbano. Fue mandado edificar en el año 884 por el rey Alfonso III el Magno, que encargó su construcción a Diego Rodrigo Porcelos. Perteneció a los condes de Castilla hasta el siglo XI y tras la batalla de Atapuerca su dueño fue Diego Laínez, padre del Cid y posteriormente el propio Rodrigo Díaz de Vivar y la condesa doña Sancha, entre otros propietarios. La fortaleza se levantó en mampostería y de ella quedan algunos restos que muestran su silueta, adaptada a la estructura rocosa sobre la que se asienta.
-Iglesia de San Juan Bautista: de estilo gótico ojival cisterciense, tiene huellas románicas en la cabecera (triple y con ábsides semicirculares románicos, con decoración gótica). El edificio tiene tres naves y planta casi de cruz griega, con bóvedas de crucería. El altar mayor, renacentista, tiene columnas salomónicas y capiteles dóricos. El retablo mayor es de estilo barroco clasicista (primera mitad del siglo XVII) y está dedicado al titular del templo. Hay otros retablos: el de la Inmaculada (barroco rococó, de 1770), el del Santo Cristo (neoclásico, de 1810) y el de Nuestra Señora del Rosario y San José (neoclásico, de 1810). Además de un sepulcro renacentista (siglo XVI), hay una serie de objetos de valor artístico, entre los que destacan una cruz del siglo XIV (románica) y otra del XVI, cálices y una custodia del siglo XVIII. En el exterior, el pórtico se adosa a una capilla y tiene puerta adintelada. La torre (del siglo XVI) se sitúa a los pies de la nave.
-Ermita de Nuestra Señora de Montes Claros: la patrona de la Merindad tiene aquí su templo, edificado sobre restos de construcciones más antiguas (incluso romanas, tal y como evidencian las estelas empleadas en la fachada norte). La ermita (de estilo románico popular), de finales del siglo IX o comienzos del X, tiene una sola nave rectangular, con cabecera igualmente rectangular. La cubierta tiene tejado a dos aguas y la puerta presenta arco de medio punto. La espadaña se sitúa a los pies y tiene también arco de medio punto. Destaca el arco triunfal, de herradura y peraltado (de finales del siglo IX o principios del X). Finalmente, la puerta del mediodía presenta arco apuntado, gótico (del siglo XIV). En su interior pueden verse el retablo mayor (neoclásico, de 1810, dedicado a la Virgen y San José) y dos retablos dedicados a la Inmaculada (uno barroco, de 1690, y el otro neoclásico, de 1800). Junto a la ermita se encuentra una necrópolis medieval. En esta ermita tiene su sede la Hermandad de Caballeros Hijosdalgo de Ubierna.
-Entramado urbano: la localidad ofrece buenas muestras de construcciones sólidas levantadas en piedra caliza. Una de ellas (en la calle Ondovilla) luce un curioso balcón de madera con cubierta de teja y cerámica decorada y otras cinco de ellas presentan escudos de armas en sus fachadas (de Jerónimo Alonso, Pedro Sarmiento y otros personajes sin identificar). El edificio de la Junta Vecinal (de 1946) se construyó en una curiosa mezcla de estilos que va del historicista, gótico, mudéjar y renacentista.
-Puente: de origen romano, ha sufrido transformaciones posteriores.
-Molino harinero: de propiedad privada, es una construcción de dos plantas con sillares en los vanos y sillarejo y mampostería en el resto. Tiene cubierta de madera y tejado a dos aguas.
-Patrimonio etnográfico: conjunto compuesto por fuente y lavadero.
-Restos prehistóricos: en Ubierna se han hallado vestigios de poblamientos correspondientes a la Edad del Bronce y del Hierro, además de lugares habitados por celtíberos y romanos (se ha llegado a identificar Ubierna con la ciudad de Bravum). La presencia de los turmogos (prerromanos) queda atestiguada en la zona hace unos 2.300 años. El principal asentamiento de este pueblo celtibérico en la zona estuvo en La Polera, yacimiento del final de la Edad del Bronce y de la Primera y Segunda Edad del Hierro, además de la época romana altoimperial, ubicado unos dos kilómetros al nordeste del pueblo, en lo alto de los ricos que rodean el desfiladero del Ubierna. Pueden verse los restos de los recintos amurallados, así como la necrópolis formada por más de un centenar de túmulos (estructuras circulares de bloques de piedra), en muchos de los que se han hallado ajuares funerarios compuestos por una urna cerámica en la que se guardaban las cenizas del difunto y diversos objetos metálicos (cuchillos, umbos de escudo, puntas de lanza, fíbulas y placas de cinturón). Una de las tumbas conserva la estela de piedra vertical que se colocaba en el centro. Este conjunto de túmulos data de la etapa de transición entre la Primera y la Segunda Edad del Hierro (siglos V al IV a.C.). Junto a La Polera hay que citar otros yacimientos interesantes, como Cuesta del Cuerno, El Cueto, La Solana, Santillán, Saúco y La Campana, que permiten atestiguar la presencia humana desde el Paleolítico hasta época visigótica.
